El Cantón El Pangui tuvo origen en la gran tribu del pueblo Shuar que habitaron donde hoy se constituye  la ciudad del  Pangui. “El nombre del cantón El Pangui proviene de la terminología Shuar “PANKI” que significa boa o lugar de las boas, estos animales vivían en el inmenso remolino ubicado en las faldas del río Zamora. Los  primero habitantes Shuar constataban la afonía de los temidos  reptiles de agua que aprovechan las grandes acrecentadas del río Zamora, surcaban hasta el valle de los háchales para atrapar sus presas sobre todo los animales mamíferos que se alimentaban de la fruta de los hachos.”
 
Un hecho histórico del Pangui podemos considerar la vida Jurídica y política de la Cooperativa de Producción agrícola y Pecuaria San “Francisco del Pangui”, el mismo que fue creada en el año 1974 bajo el tutelaje de Mons. Jorge Mosquera, sus principales objetivos eran la defensa de las tierras, fomento de la educación, producción pecuaria y la construcción de una ciudad Shuar
 
En 1978 los primeros habitantes del Pangui frente la negativa de las autoridades de Morona Santiago en atender las demandas  de obras en beneficio del pueblo del Pangui, tomaron la decisión de  separarse y solicitar la adhesión a la provincia de Zamora Chinchipe y, gracias a la efectiva decisión de dos Autoridades de Zamora como el  Sr. Hugo Arias Benavides en ese entonces alcalde de la ciudad y el Mons. Jorge Mosquera Vicario Apostólico de Zamora Chinchipe, quienes aprovechando la presencia del Presidente Constitucional de la Republica el Ab. Jaime Roldós Aguilera le hiciera firmar el Acuerdo, donde se fija en forma definitiva los límites de la provincia de Zamora Chinchipe con Morona Santiago hasta el río Chuchumbletza.
 
En 1980, el pueblo fundador del Pangui inicia las gestiones para su parroquialización, consiguiéndola mediante Decreto Nro. 55 publicado en el Registro Oficial Nro. 388, del 26 de febrero de 1981 es elevado a la categoría de parroquia con su ascenso político, nace como una extensa parroquia rural, su vida parroquial dependía del cantón Yanzatza.
 
El año de 1989, El Pangui sigue un proceso de progreso y gracias al empuje muy decidido de las instituciones y pueblo en general consigue la dotación de servicios básicos y mejora la educación en todos sus niveles. En esta época, tuvo especial significado la participación activa del párroco Fray Luís Imaicela, quien propone la canonización del Pangui a  través de un comité pro-canonización, en ese entonces se eligió como responsable del comité al Sr. Miguel Ocampo, quien no tuvo mayor protagonismo siendo reemplazado por señor Prof. Leoncio Heredia.
 
En el año de 1990 el pueblo del Pangui solicita al Congreso Nacional para que sea elevada a la categoría de cantón, lográndose a favor de este pueblo el objetivo propuesto. 
 
Luego el gobierno del Dr. Rodrigo Borja haciendo uso de sus facultades, emitió el Decreto Constitucional publicado en el Registro Oficial Nro. 622, del 14 de febrero de 1991, declarándolo al Pangui como un nuevo cantón de la provincia de Zamora Chinchipe.